imastodon.netやpawoo.netなど、マストドンの個々のサーバーのことを インスタンス といいます。長い単語なので「箪笥(タンス)」と略されることもあります。
多くのインスタンスはそれぞれ独自のテーマ(imastodon.netではもちろん「アイドルマスター」)や文化を持っており、ユーザーは自分の興味や好みに合うインスタンスにアカウントを作ることで、同好の士と存分にコミュニケーションをすることができます。もちろん、特別なテーマを持たず様々な人がいるインスタンスもあります。
それぞれのインスタンスは、それ1つでSNSとしての機能をもっていますが、他のインスタンスともインターネットを介して繋がっており、インスタンス内部でのやり取りと同じ感覚で他のインスタンスのユーザーをフォローしたり、他のインスタンスのユーザーとリプライで会話したりすることができます。
逆に、特定のインスタンスからのトゥートを見たくない場合は、インスタンスミュート機能を使ってインスタンス丸ごとミュートすることができます。
マストドンは知識とサーバーさえあれば誰でもインスタンスを建てて運営することができるようになっています。また、ソースコードを変更してもよいことになっているため、インスタンスの中にはそれぞれのインスタンスの文化に合わせて色々な独自機能を実装しているものもあります。アイマストドンの独自機能についてはアイマストドンの独自機能・仕様をご覧ください。